Intro

Gedrevenheid, nieuwsgierigheid en passie voor onderzoek in vaatchirurgie.

Wat ga je doen?

Als -Omics-onderzoeker in het Aorta PLAN-project bestaan ??je voornaamste taken uit het uitvoeren en analyseren van diverse omics-analyses. Je voert proteomics-onderzoeken uit in het oncoproteomics-laboratorium en genomics-werk in het Genomics Core-lab.

• Je verantwoordelijkheden omvatten onder meer het voorspellen van veranderingen in de aneurysmazak van de abdominale aorta (AAA) met behulp van (fosfo)proteomics en transcriptomics, en het identificeren van biomarkers bij patiënten met type-B-dissecties door middel van omics-onderzoeken. Je onderzoekt de relatie tussen plasmaproteomics en volledige transcriptoomanalyse (RNA-sequencing), waarbij je veranderingen tijdens de follow-up volgt met behulp van monsters uit onze biobank met gematchte beeldgegevens.
• Om de bevindingen op het gebied van plasmaproteomics te valideren, verzamel je aortaweefsel van patiënten die een open herstel ondergaan na herstel van een endovasculair aneurysma (EVAR) als gevolg van conversie en isoleer je gladde spiercellen (SMC). Op deze monsters zullen transcriptomics en proteomics worden uitgevoerd en op beschikbare weefsels van open reparaties van dissecties. Je correleert deze bevindingen met uitgebreide proteomics-, genomics- en transcriptomics-gegevens uit onze biobankmonsters. Verdere validatie zal gebeuren tijdens in vitro experimenten in het laboratorium, met behulp van technieken zoals Western blot, qPCR, siRNA-gemedieerde knock-down en functionele testen.
• De belangrijkste verantwoordelijkheden zijn onder meer het uitvoeren van omics-analyses in het laboratorium, die zullen worden geïntegreerd in machine learning-algoritmen om de dynamiek van de AAA-zak en de progressie van type B-dissecties te voorspellen.
• Vervolgens help je mee aan de toekomstige biobank en de studiecoördinatie voor de monsterinzameling.

Wat neem je mee?

• Je beschikt over een masterdiploma Biomedische Wetenschappen, of een andere life sciences discipline, met de nadruk op toegepaste data-analyse.
• Je hebt ervaring met het uitvoeren van (in vitro) en analyseren van omics analyses, zoals RNA sequencing en proteomics analyses. Eerdere blootstelling aan single-cell omics-technologieën, zoals single-cell RNA-sequencing, is wenselijk.
• Je hebt affiniteit met machine learning en AI.
• Je bezit goede schriftelijke en mondelinge communicatieve vaardigheden in het Engels. Deze zijn essentieel voor de communicatie binnen ons team.
• Je bent intrinsiek gemotiveerd, wetenschappelijk nieuwsgierig en goed in het samenwerken in teamverband.

Wat bieden we jou?

• Een vliegende start van je carrière in het wetenschappelijk onderzoek.
• Veel ruimte voor persoonlijke ontwikkeling met een breed aanbod aan opleidingen en ontwikkeling van academische vaardigheden.
• Werken aan grootschalig en eigen onderzoek, met gemotiveerde collega’s.
• Een tijdelijk PhD-contract van 12 maanden dat na positieve evaluatie in het eerste jaar wordt verlengd voor de duur van het project (4 jaar).
• Inschaling in salarisschaal OIO: € 3.017 tot € 3.824 bruto per maand bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring) en een eindejaarsuitkering van 8,3%. Bereken hier jouw netto salaris.
• Vakantie-uren: 186,4 per jaar en mogelijkheid om extra uren te sparen.
• Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen. Uitstekende bereikbaarheid met het openbaar vervoer en vergoeding van een groot deel van uw reiskosten.

Waar ga je werken?

Het vaatlaboratorium maakt deel uit van de afdeling Fysiologie in samenwerking met de afdeling Medische Biochemie, beide geïntegreerd binnen de Amsterdamse Cardiovasculaire Wetenschappen, een onderzoeksinstituut gericht op het ontwikkelen van op kennis gebaseerde behandelstrategieën om hart- en vaatziekten te voorkomen en te genezen. Het uitvoeren van proof-of-concept-experimenten in het laboratorium met van patiënten afkomstige cellen is onderdeel van de omics-validatie.

Associate Prof. Dr. Kak Khee Yeung is de projectleider en zal tevens je begeleider zijn. De onderzoeksgroep translationele vaatchirurgie biedt een vindingrijke en stimulerende wetenschappelijke omgeving. Je andere begeleider is universitair hoofddocent dr. Vivian de Waard, zij is gespecialiseerd in aortabiologie. In het lab werk je nauw samen met de labtechnici Albert van Wijk en Myrthe Hoogeland. De andere vaatchirurgen betrokken bij het VASCULAID-project zijn prof. dr. Ron Balm, prof. dr. Jan Blankensteijn, dr. Vincent Jongkind en technisch arts Stefan Smorenburg. Je komt terecht in een vindingrijke en stimulerende wetenschappelijke omgeving. Wij zijn een energiek en enthousiast team van ongeveer 16-20 promovendi en twee postdocs.

In Amsterdam UMC zien we jaarlijks ruim 300 aorta-aneurysma’s. Daarnaast zijn wij uitgerust met een hybride endovasculaire operatiekamer.

Wat ga je onderzoeken?

Patiënten ouder dan 65 jaar met een aorta-aneurysma (AA) of aortadissectie (AD) hebben vaak comorbiditeiten, waardoor de chirurgische risico's toenemen. Nauwkeurige informatie over de risico's en voordelen van de behandeling is van cruciaal belang. Het Aorta PLAN-project maakt gebruik van AI om gepersonaliseerde, op bewijs gebaseerde voorspellingen te doen voor de resultaten na endovasculaire behandeling (EVAR) voor abdominale AA- en type B-dissecties. Twee promovendi gaan zich hierop richten, één met behulp van geavanceerde beeldanalyse, klinische data en wearables.

Het project waar de promovendi aan zullen werken heet Gepersonaliseerde therapie voor patiënten met aortaziekte (Aorta PLAN). De afdeling Vaatchirurgie van Amsterdam UMC (locatie AMC) werft momenteel een promovendus om in ons laboratorium vierjarig te promoveren voor ons project Aorta-PLAN.

Doelstellingen van het onderzoek zijn:

• Identificeren van voorspellende parameters van post-EVAR zakgroei of krimp door omics en klinische gegevens te bestuderen en te vergelijken met AAA-groei vóór EVAR
• Identificeren van voorspellende parameters van de progressie van aortadissectie door omics en klinische gegevens.

In je onderzoek werk je nauw samen met een andere promovendus die zich gaat bezighouden met prognostisch experimenteel onderzoek en met een aantal onderzoekers die werken aan het VASCUL-AID project.

Als je denkt dat het profiel bij je past en je bent geïnteresseerd in de functie, dan zien wij je sollicitatie graag tegemoet. Aanvragen worden tijdens de publicatieperiode doorlopend verwerkt. Bij voldoende kandidaten kan de vacature tussentijds worden gesloten. In augustus en september staat de eerste ronde sollicitatiegesprekken gepland. Wij vragen jou hiermee rekening te houden in jouw agenda indien jij wordt uitgenodigd voor een gesprek.

Let op: Wegens de vakantieperiode zal jij pas na 12 augustus een reactie krijgen op jouw sollicitatie.

Let op: Sollicitaties moeten de volgende informatie bevatten (alle bestanden, behalve uw CV, moeten in één pdf-bestand worden ingediend):

• een gedetailleerd CV inclusief de maanden (niet alleen jaren) waarin wordt verwezen naar je opleiding en werkervaring;
• een motivatiebrief (max. 1 pagina);
• een digitale kopie van je masterproef;
• een volledig overzicht van bachelor- en mastervakken (inclusief cijferlijsten en uitleg over het beoordelingssysteem dat door uw universiteit wordt gebruikt);
• de namen en e-mailadressen van twee referenties die aanbevelingsbrieven kunnen verstrekken.

Als je vragen hebt over deze functie, neem dan gerust contact op met de projectbegeleider Kak Khee Yeung, via onze secretaresse Laura van Wieringen via l.wieringen@amsterdamumc.nl. Zorg ervoor dat je in de onderwerpregel "Vacature PhD EXP Aorta PLAN" vermeldt.

Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Rhiannon Sandfort, Recruitmentadviseur, via r.e.sandfort@amsterdamumc.nl.

Een referentiecheck en screening kunnen onderdeel zijn van de procedure. Kom je bij ons in dienst, dan vragen we voor een aantal functiegroepen standaard een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag). Lees hier wat dit inhoudt en of het voor jouw functie van toepassing is.

Interne kandidaten krijgen voorrang op externe kandidaten als zij even geschikt zijn.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.